از سرگذشت اوستا بعد از گشتاسب تا هخامنشیان آگاهی در دست نیست، فقط می دانیم که بین شاهان هخامنشی اوستا دارای ارزش و اهمیت زیاد بود، تا آنجا که در این زمان دو نسخه بزرگ اوستا در دو مکان نگه داری می شد. یکی از این مکان ها «گنج شپیگان» در آزربایجان و دیگری در «دژنبشت» یا «دژنبشتک» در فارس که این دو نسخه به منزله ی سند برای اوستاهای دیگری که بین مردم وجود داشت بودند (علاوه بر دو نسخه فوق تعداد زیادی اوستا در دست موبدان و مردم وجود داشت).
پابرجایی اوستا تا حمله ی اسکندر ادامه داشت، هنگامی که اسکندر به ایران حمله کرد دژنبشتک را که در فارس قرار داشت آتش زد و بدین ترتیب یک نسخه اوستا از بین رفت ولی نسخه ی دیگر آن که در گنج شپیگان وجود داشت به دست یونانیان افتاد و چون به ارزش آن پی بردند به دستور اسکندر آن را به یونانی ترجمه کردند.
اوستای گنج شپیگان شامل ادبیات، نجوم، اصول دینی، قوانین اجتماعی، زمان، پزشکی، گیاه شناسی و بسیاری از علوم معروف آن دوره بود و پس از آنکه به دست یونانیان افتاد، یک باره یونان را به بالاترین درجات علمی آن زمان رساند و چنین ادعا کردند که این دانش ها همه از کار و اندیشه ی یونانی سرچشمه گرفته است. بدین ترتیب اوستای اصلی از بین رفت.
پس از اسکندر جانشینان او با نام سلوکیان بر ایران فرمانروایی داشتند و طبیعی است که در این زمان قدمی برای گردآوری اوستا برداشته نشد.
